もっとも日常的に親しまれる利用法は食用である。パンやホットケーキに塗って食べるほかリコッタなどの軽いチーズ、あるいはヨーグルトなどの乳製品に添えることがある。
砂糖の替わりに甘味料として、コーヒーや紅茶等の飲み物に用いる。蜂蜜の主成分である果糖は低温では甘味を感じやすいが、高温では感じにくくなる。温かい飲み物に蜂蜜を使う場合は、量が多くなりがちなので注意が必要である。
紅茶にハチミツを入れると黒く変色してしまう。これは紅茶に含まれるタンニンとハチミツに含まれる鉄分が結合し、タンニン鉄が生成されるためである。
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照焼き、煮物などで甘味とともに色ツヤを良くするためにも使われる。そのほか、保存性の高さを利用した蜂蜜漬けなどがある。
殺菌、消炎作用があり創傷の際の消毒に使える他、医薬品として口内炎の治療などに使われる。日本薬局方に医薬品として記載されている。ただし安価な蜂蜜の中には砂糖水などで水増ししたもの（「純粋はちみつ」と銘打ってあるものの中にもこの手の粗悪なものが存在する）も多く、それらには上記の効果は薄いとされる。漢方薬では生薬の粉末を蜂蜜で練って丸剤（丸薬）をつくる。八味丸（別名：八味地黄丸、桂茯腎気丸）や桂枝茯苓丸といった方剤がこの方法で造られる。また甘草や黄耆などの生薬を蜂蜜とともに炒め、薬効を変化させることも行われている。